ただ、日本の社会のルールにそぐわないと反発を受けるのは当たり前です。
教えられたものを唯々諾々と受け入れるのではなく、今までの文化に反しないように解釈して同化するのが日本ですよ。

キリスト教系の弾圧(江戸時代、戦争当時とか)についていえば、教義にも宗教そのものにもあまり関係ないと思いますよ。

当時キリスト教の宣教師は植民地支配を企む本国からの先発隊を担う側面もありました(実際に植民地化された世界の国を見ても明らかですよね)。
また、キリスト教以外の神や偶像崇拝を攻撃しました。
天皇や将軍が神格化される文化のある国では｢政治的に｣弾圧されても仕方ないと思います。

さらに言えば、
もちろんご存じだと思いますが、当時日本に来ていた宣教師は本国に日本人を奴隷として送る「奴隷貿易」「人身売買」を｢大々的に｣行っていました(主に九州)。

人身売買や寺社仏閣の破壊を｢先に｣行ったのはキリスト教国の人なのです。

植民地支配が普通なところでは何の違和感もないのでしょうが、日本では危険思想認定をされても仕方ないと思います。

キリスト教そのものが悪いわけではないと思いますが、侵略の先鋒に宗教を利用した本国の王様が諸悪の根源だと思います。

キリスト教以外の「飛鳥時代は物部・蘇我の宗教戦争、平安時代の最澄・空海の絶交、鎌倉時代の弾圧・法難」の辺りは、
確かに「教義的な」対立なので「日本の宗教は包容的」ではないのかもしれません。

でも、そこに｢キリスト教｣を含めるのは上記の理由で納得できません。