ただ、日本の社会のルールにそぐわないと反発を受けるのは当たり前です。
教えられたものを唯々諾々と受け入れるのではなく、今までの文化に反しないように解釈して同化するのが日本ですよ。

キリスト教系の弾圧(江戸時代、戦争当時とか)についていえば、教義にも宗教そのものにもあまり関係ないと思いますよ。

当時キリスト教の宣教師は植民地支配を企む本国からの先発隊を担う側面もありました(実際に植民地化された世界の国を見ても明らかですよね)。
また、キリスト教以外の神や偶像崇拝を攻撃しました。
天皇や将軍が神格化される文化のある国では｢政治的に｣弾圧されても仕方ないと思います。

さらに言えば、
もちろんご存じだと思いますが、当時日本に来ていた宣教師は本国に日本人を奴隷として送る「奴隷貿易」「人身売買」を｢大々的に｣行っていました(主に九州)。

人身売買や寺社仏閣の破壊を｢先に｣行ったのはキリスト教国の人なのです。

植民地支配が普通なところでは何の違和感もないのでしょうが、日本では危険思想認定をされても仕方ないと思います。

キリスト教そのものが悪いわけではないと思いますが、侵略の先鋒に宗教を利用した本国の王様が諸悪の根源だと思います。

キリスト教以外の「飛鳥時代は物部・蘇我の宗教戦争、平安時代の最澄・空海の絶交、鎌倉時代の弾圧・法難」の辺りは、
確かに「教義的な」対立なので「日本の宗教は包容的」ではないのかもしれません。

でも、そこに｢キリスト教｣を含めるのは上記の理由で納得できません。

　　 何処かの、賛美歌の歌詞でしょうか？
　　　映画の字幕に出てきました。
　

私にはこの世界が自然に、偶然にできたとは、思えない。
宇宙の姿も、人間のからだも、あまりに精巧にできているからだ。
しかし、この世界が何故存在しているのかは分からない。
星々も、人間も存在しなければならない、必然性はないように思える。
もしかすると、これは創造主のお遊びかもしれない。
過去に、何百億年、何兆年、いやその１０の何乗年という時間が流れて来たことだろう。
創造主も暇をもてあまされて、このようなものを造られたのかもしれない。

この世界は恐ろしい世界である。
今の不況などは序の口である。
歴史を少しでも見れば明らかである。
戦争に次ぐ戦争で、歴史は血に染まっている。
人間は虫けらのように、殺されている。
このようなことも、創造主のお遊びと考える理由である。
若い人達は日々の生活に追われて、こんなことを考える暇はないだろう。
だが、余計なことを考えず、目先のことを追って生きるのが幸せに生きるコツである。

長い時間をかけて突然変異によって、あらゆる生物が偶然に作られるという仮説に対し；

「この理論は、レンガをデタラメに積み上げて放っておくと、城やギリシャの神殿が勝手に出来上がったというに等しい」
　アルバート・セント・ジョルジ（ノーベル賞を受賞したハンガリーの生化学者、1893～1986）

「宇宙の年齢を１００億年としても、進化した哺乳類の細胞核に含まれる２０００個もの遺伝子ができるチャンスを考えると、この時間は決して充分ではない。突然変異で今ある遺伝子情報のように複雑で整然としたシステムができる確率は、竜巻がゴミ屑を巻き上げたらジェット機ができたというようなものだ」
　フレッド・ホイル　（イギリスの宇宙物理学者、1915～2001）

「生物が進化するためには、生物の設計図である遺伝子が変化しなくてはならない。ダーウィン進化論ではいまのところ、遺伝子の変化もアトランダムな突然変異に頼っている。アトランダムということは偶然という意味である。
こうした偶然の突然変異と自然淘汰による爬虫類から鳥類への進化を、自動車を改良して飛行機を開発するプロジェクトにたとえてみると、ある自動車の部品をアトランダムに取り替えたり、構造を無目的に改造したりしているうちに、いつのまにか飛行機ができあがってしまったということになる」
　佐川、中原著「進化論が変わる」より

自然淘汰の定義に対し；

「動物における適者というのは、必ずしもその動物が健康で強いということではない。本質的には、子孫をたくさん残すということだけだ。事実、自然淘汰の原理は“多くの子孫を残すであろう固体は、多くの子孫を残す”という一言に尽きる。だが、これでは何も言わないに等しい」
　C・H・ウォディントン（イギリスの生物学者、1905～1975）

自然淘汰は恒常的に進むという理論に対し；

「自然淘汰とは、自然の力によって行われる没個性的な作用である。だから、将来必ず役に立つ器官になる、今はその途中だ等と言い訳してみても、今、役に立たなければ淘汰されてしまうはずである。遠い将来のことなど、まるで関係ないはずではないか」
　ノーマン・マクベス（アメリカ、「ダーウィン再考」〔1971〕の著者）

「器官の進化の途中で顎半分とか翼半分あっても、何の役にも立たないではないか」
　スチーブン・グールド　（ハーバード大学の生物学者、1941～2002）

　眼の発生に対して；

「目について触れられると、どう考えていいかわからず、ぞっとする気持ちを抑えられない・・・眼は距離によって焦点を変えたり、入る光の量を調節したり、自由自在に機能する。これが自然淘汰で作られると考えるのは、まったく無理であることを私自身認めざるをえない」
　チャールズ・ダーウィン（イギリス、1809～1882 ）

「眼は涙腺や瞼等さまざまな部分からなり、すべてが同時に機能するような完成品になった場合にしか役に立たない。ところが、眼の進化過程の初期段階、各部分はまったく未発達で機能の調和がとれず、存在意味はなかったはずだが、それでは自然淘汰はどうなっていたのか。自然淘汰というものは、器官が最終的にどんな発達を遂げるかはお構いなしに起こる、冷厳なる現象のはずである。」
　ガートルード・ヒンメルファーブ　（アメリカ、歴史家、1922～）

等、等、等　・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・・